สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 2 เป็นหน่วยงานทางการศึกษาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน มีหน้าที่ดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา พ.ศ.2560 และ (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2561 ซึ่งแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา เป็น 9 กลุ่ม 1 หน่วย ดังนี้
- กลุ่มอำนวยการ
- กลุ่มบริหารงานบุคคล
- กลุ่มนโยบายและแผน
- กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา
- กลุ่มนิเทศติดตามและประเมินผลการจัดการศึกษา
- กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์
- กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกล เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
- กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา
- กลุ่มกฎหมายและคดี
- หน่วยตรวจสอบภายใน
